L'ACFPE est placée sous tutelle :
•    Tutelle Administrative : Ministère en charge du travail
•    Tutelle Financière et technique : Ministère des finances et le Contrôle général du secteur Para-public
Elle est administrée par deux Organes:
•    Un Organe de décision : le Conseil d'Administration
•    Un Organe de gestion : la Direction générale.
Le Conseil d'Administration, tripartite, est composé de 5 Membres représentant :
•    Le syndicat (2 membre)
•    Le patronat (2 membres)
•    L'Etat (1 membre)
La Direction Générale, chargée de mettre en œuvre la politique générale de l'ACFPE telle que définie par le Conseil d'Administration, est dirigée par un Directeur Général et est composée de deux Directions de production (technique) et d'une Direction d'appui